1985年8月24日，经最高人民法院批准，成立衢州市中级人民法院，地址柯城区后街巷，1987年1月，迁至柯城区荷花三路政法大楼。内设刑事审判第一庭、刑事审判第二庭、民事审判庭、经济审判庭、信访室、研究室、办公室、政工科以及全国法院干部业务法律大学浙江分校衢州分部共9个部门。干警37人，1985年底增至54人，下辖柯城区、衢县、龙游县、江山县、常山县、开化县6个人民法院；33个人民法庭。      
　　2003年9月建成占地23余亩，面积20433平方米，智能化的现代审判技术大楼投入使用。内设办公室、干部人事处、宣传教育处、立案庭、刑事审判第一庭、刑事审判第二庭、民事审判第一庭、民事审判第二庭、行政审判庭（赔偿委员办公室）、审判监督庭、执行庭（执行局）、研究室、司法警察支队、司法技术（鉴定）处、司法行政装备管理处、监察室等16个职能部门和机关党委，保留政治部；下辖柯城区、衢江区、龙游县、江山市、常山县、开化县6个人民法院，9个人民法庭；在职干警88人。衢州市中级人民法院全体干警在历届党组的领导下，励精图治，改革创业，团结奋进，充分发挥审判职能作用，为维护社会稳定、促进经济发展作出了应有的贡献。以党组书记、院长章俊为首的新一届党组将带领全体干部以崭新的姿态，迈向新的时期，迎接新的挑战，再创新的辉煌。

办公室
　　协助院领导组织协调院务工作；办理院务会、院长办公会等会议事务，起草综合性文件、报告，组织综合性会议；组织办理市人大代表、市政协委员建议提案；负责本院工作简报、司法统计与分析、文秘、信息资料、档案、图书报刊、收发、机要、法制宣传、保密、综合治理和信息化建设等工作。
组织人事处
　　全市法院系统的机构编制管理工作；办理本院的有关干部、组织工作事项；负责法官等级、法警警衔以及其他职称的评定申报工作；负责本院老干部工作；办理本院的劳动工资、保险福利、计划生育、人事档案工作。
宣传教育处
　　负责全市法院队伍的思想政治教育工作；完成上级法院下达和本院部署的干警培训工作，指导下级法院干警培训；办理全市法院系统的表彰奖励工作；负责本院岗位责任制考核。
监察室
　　检查法院及其工作人员执行国家法律、法规、政策及党纪政纪的情况；受理对法院工作人员违纪行为的检举、控告；受理法院工作人员不服党政纪处分的申诉；调查处理法院及其工作人员的违纪行为；负责被上级法院发回重审、改判和本院再审改判案件的检查；监督全市法院党风廉政建设和反腐败重点工作的落实。
刑一庭
　　依法准确、及时地审理可能判处无期徒刑以上的普通一审刑事案件以及案情重大应当由中院审理的其他一审刑事案件；依法审理刑事上诉、抗诉案件；依法指定下级人民法院审判管辖不明的案件以及指定下级人民法院将案件移送其他人民法院审判；审查答复下级人民法院请示的有关疑难案件；监督和指导下级人民法院的刑事审判工作；依法报送由上级法院核准的死刑案件；完成执行死刑罪犯的任务。
刑二庭
　　审理辖区内的监狱和公安机关看守所上报的对在押犯减刑、假释案件；监督指导劳改部门的减刑、假释工作，提出有关司法建议。
民一庭
　　审判第一、二审婚姻、家庭、人身权利、借贷、财产租赁、房地产、劳动争议、相邻纠纷及其相关合同等纠纷案件。提出有关的司法建议；办理其他有关审判工作事项。监督和指导下级法院民事审判工作和人民法庭工作。
民二庭
　　审判第一、二审合同、证券、票据和侵权等纠纷（包括消费者权益〔含医疗纠纷〕），审理第一、二审知识产权、涉外、涉港澳台民事案件及企业破产案件；提出有关的司法建议；办理其他有关审判工作事项。监督和指导下级人民法院相关的民事审判工作。
审判监督庭
　　审判不服市中级人民法院生效裁判的各类再审案件；审判不服下级人民法院刑事、民事、行政生效裁判的再审案件；审判市人民检察院抗诉的再审案件；提出有关的司法建议；指导基层人民法院审判监督工作。
立案庭
　　审查诉至本院的各类案件，对符合条件的登记立案；依法审理管辖争议案件；对不服本市一审法院的生效裁判提出的各类申诉案件的审理以及再审申请进行审查，认为可能有错误的，移交审判监督庭或下级法院审查处理；负责司法救助工作；提出有关司法建议；进行审理排期并指定审判人员；进行财产保全。处理来信来访；监督和指导下级人民法院相关的审判业务工作。
行政庭
　　依法审理涉及土地、治安、工商、税务、卫生、文化、环保等一审、二审行政案件；依法办理赔偿委员会工作事务，负责办理国家赔偿案件，执行赔偿委员会决定事项；监督和指导下级人民法院的行政审判工作及国家赔偿工作事宜。
执行局（执行庭）
　　执行本院一审发生法律效力、具有给付内容或履行一定行为的判决书、裁定书、调解书、民事制裁决定书以及刑事附带民事判决书、裁定书和调解书中的财产部分，执行法律规定由本院执行的其他生效法律文书；监督、指导、协调和管理下级人民法院的执行工作。
研究室
　　负责审判工作中出现的新情况、新问题的调查、分析和研究并提出对策及疑难案件的讨论；办理审判委员会会务；收集、答复下级法院有关适用法律方面的请示；负责内部刊物的编辑发行。
司法行政装备管理处
　　负责全市法院系统的计划财务工作和服装、车辆等专项物资装备管理和分配工作；指导基层法院的人民法庭和审判法庭建设；负责本院机关的固定资产、行政后勤事务管理和服务工作；管理使用本院业务经费，做好本院的财务公开工作；办理后勤事务的其他事项。
司法警察支队
　　负责司法警察警务和武器管理工作；负责中院机关安全保卫工作；负责警卫、值庭、看管、押解犯罪嫌疑人、被告人，送达有关法律文书；配合有关审判庭和执行庭的执行事项，执行强制措施；组织法警业务技能训练。
司法鉴定处
　　负责本院在审判、执行过程中需要进行司法鉴定案件的对外委托鉴定；监督、指导基层人民法院对外委托鉴定工作；死刑执行中的技术监督、指导和确认死亡工作。